تم اختيار باب من ابواب الحرم العلوي المطهر ليتوسط الشعار كون ان الحرم العلوي المطهر هو رمز النجف الاشرف وان الجامعة الاسلامية ترتبط بنور وفكر اهل البيت (عليهم السلام) وتم اختيار باب الشيخ الطوسي من بين ابواب الحرم المطهر لتكون رمزا للجامعة الاسلامية في النجف الاشرف كون ان الشيخ الطوسي هو من اسس الحوزة العلمية في النجف الاشرف لتكون الحوزة العلمية الرافد الاول لكل من يريد ان ينتهل العلوم الدينية

اضافة الى وضع قول رسول الله (صلى الله عليه واله وسلم) انا مدينة العلم وعلي بابها اعلى الباب في الشعار كون ان الجامعة الاسلامة هي مركز علمي ينتمي للامام علي ابن ابي طالب (عليه السلام)

اضافة الى وجود اشعاع نور ينبثق من الباب الداخلية الصغيرة يرمز الى شعاع نور ضريح امير المؤمنين علي ابن ابي طالب (عليه السلام)